Aunque han aparecido abundantes restos prehistóricos y de la época visigoda, no se conocen asentamientos urbanos anteriores al siglo X. Invadida la Península en el 711, los árabes vencen a los visgodos en Guadalete, donde el Rey Don Rodrigo traicionado por los hijos de Witiza, pierde la vida o desaparece sin dejar rastro. Tras este desastre, surgen pequeñas bolsas de resistencia en Mérida y otras ciudades, pero en poco tiempo los invasores controlan casi todo el territorio, a excepción de unas áreas pequeñas situadas en el norte peninsular.
En el último tercio del siglo IX, grandes luchas internas conmocionaban el Califato de Córdoba. Por entonces la ciudad de Merida, era gobernada por la familia de los Marwan. Se trataba de hispanoromanos de origen gallego o asturiano, muladíes que tras la inavasión se convirtieron al Islam. Su carácter levantisco e independiente, ocasionaron frecuentes enfrentamientos con Córdoba. Ibn Marwan Yunuf "al Yiliqui" es reclamando a la corte del califa, donde es humillado y despreciado. Poco después huye de la ciudad y se refugia en Alange, desafiando la autoridad califal. El castillo es sitiado, pero el caudillo muiladí resiste y consigue huir hacia el norte acompañado de sus partidarios. Su forma de vida es la guerra de guerrillas, aliándose según conveniencia, con grupos musulmanes o cristianos. Una vida "de película", similar a otras figuras históricas como el Cid Campeador o Geraldo sen Pavor.
Ante la amenaza que la belicosidad de Marwan suponía, los ejércitos cordobeses lo persiguen y asedian continuamente, produciéndose numerosas batallas y asedios de los que el muladí consigue sobrevivir, contestando cada ataque con la correspondiente represalia. Ante esta situación se le concede en el año 875, autorización para instalarse en el Cerro de la Muela, levantando la primitiva ciudad ubicada dentro de su primera fortaleza. Siempre disfrutó de un amplio margen de independencia respecto a Cordoba hasta la caída del Califato, momento en que los Marwan gobernaron una ciudad cada vez más próspera. Badajoz declara su independencia cuando el eslavo Sapur, traicionando la confianza del nieto del fundador, proclamóse rey de Badajoz.
Con la extinción del Califatoen, en el año 1022 se instauró la dinastía de los Aftásidas, que reinó desde entonces en un amplio teritorio limitadoal norte por la cuenca del Duero, al sur por Sierra Morena y desde los confines de Toledo por el este, hasta el Atlántico por el oeste, incluyendo las tierras del centro de Portugal, con importantes poblaciones como Lisboa o Évora. Permaneció bajo la presión constante de Castilla, Portugal y de las taifas vecinas.
La invasión de los Almoróvides, llamados a la península ante el acoso de los reinos del norte, motivó las derrotas cristianas en Sagrajas y Uclés. El proceso de reconquista sufrió un importante retroceso, al mismo tiempo que las taifas perdieron su independencia, decretándose la unión de Al-Alandalus. La llegada de los almohades en 1146 supuso la renovación y refuerzo de las defensas de Badajoz, levantándose torres albarranas en las zonas donde los ríos Guadiana y Rivillas no protegían la población, siendo la de Espantaperros el elemento mas representativo de la época. La victoria cristiana de las Navas de Tolosa en 1212, lleva la frontera hasta Despeñaperros, resistiendo durante un tiempo las tierras de Badajoz, Sevillla y Córdoba, junto al reino de Granada.
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