C'est en mars 1230 que les troupes d'Alfonso IX de Leon prennent la ville. Il cessa d'être une frontière entre le nord et le sud, comme la reconquête avançait imparable vers Séville, Cordoue et l'Algarve. Ainsi Badajoz est devenu un fossé entre les royaumes de Castille et le Portugal, devenant un "pad" qui a absorbé les tensions persistantes entre les deux monarchies. Les luttes de succession entre ces royaumes et les appétits mutuels territoriaux ont conduit à de fréquentes guerres et invasions. En 1336, il y avait des sites répétés et des sièges par le royaume portugais, qui pendant une longue période de temps convoité la possession de Badajoz.

Lorsque Philippe II revendique le trône du Portugal, il fit de Badajoz la base des opérations de son armée en 1580. Dans la ville, le décès de la reine Anne d'Autriche a lieu.

En 1589, le souverain espagnol convoqua Cortes dans la ville de Badajoz. Les luttes continues avec le Portugal, nées de la guerre de restauration, transforment la place et ses environs en un champ de bataille, étant la région à plusieurs reprises ravagée.

Le manque de sécurité et une structure socio-économique instable empêchent le peuplement de la noblesse dans et autour de la capitale, puisqu'il n'était pas souhaitable que ses propriétés soient exposées aux rigueurs de ces situations.

Pendant la guerre de succession d'Espagne en 1705, une armée anglo-portugaise prit la ville au nom du prétendant, l'archiduc Charles.

Les nouvelles techniques d'attaque et de siège, basées sur une puissance d'artillerie destructrice accrue, ont rendu obsolètes les anciennes fortifications médiévales.

Par conséquent, ils doivent s'adapter à de nouvelles lignes géométriques, qui évitent les impacts directs de l'artillerie, abaissant la hauteur des murs (convertis en rideaux) et donnant une hauteur inférieure aux tours, qui sont devenues des bastions pentagonaux.

Entre 1810 et 1812, pendant la guerre d'indépendance (guerres péninsulaires de dépendance), la place a été fortifiée extraordinairement. Selon les lignes de dalles, la lamelle était dotée de remparts et de délectanes, de douves et de lunettes, ainsi que de forts pour le défendre de l'extérieur. La ville a enduré pendant ces années des sièges terribles et d'importantes batailles ont été menées dans les environs.

Au milieu du XXe siècle, la guerre civile de 1936 a joué dans son dernier épisode de guerre, tristement connu pour les exécutions terribles et les représailles, qui, après la prise de contrôle de la ville a eu lieu dans et autour de la ville.

Jusqu'au début des années 50 du siècle dernier, la capitale était liée par les limites de la fortification abaluartada, à l'exception de la sortie de Madrid et des environs de la gare. Plus tard, ces zones ont été converties en quartiers actuels de San Fernando et San Roque. Une expansion mal planifiée de la ville, détruit le bastion de San Juan et les toiles murales annexées, cédant la place à l'Avenida de Huelva et un peu plus tard à celle de Christophe Colomb. Ainsi, la continuité de la fortification alluviale a été brisée et les douves, lunettes et autres structures défensives ont disparu. Après cette expansion est née l'Avenida de Santa Marina, plus tard limitée par la soi-disant «autoroute», qui avait l'intention de circongir la ville à l'ouest. De nouveaux quartiers, parmi lesquels Valdepasillas se distingue loin au-dessus de cette ceinture, étendant la population principalement à l'ouest, autour de la route Olivenza. Dans le même temps, d'autres zones ont été développées comme Pardaleras, et les San Roque et San Fernando susmentionnés, qui ont été configurés comme des parties essentielles de la nouvelle ville.

Badajoz est actuellement la population la plus prospère et la plus dynamique de sa région. La réalité heureuse de l'Union européenne lui a donné un nouveau rôle, en surmontant les anciennes frontières et contraintes transnationales, augurant de nouvelles et grandes opportunités. La prochaine ligne du train à grande vitesse (A.V.E.) et de sa gare internationale, la plate-forme logistique de Caya, la ligne de fret Sines-Badajoz, le Palais des Congrès "Manuel Rojas" et la nouvelle I.F.E.B.A. sont parmi d'autres incitations, les déclencheurs qui permettra à Badajoz de décoller, vers un avenir plein d'espoir. Tout cela, en dehors de l'activité florissante du secteur commercial, qui attire un grand nombre de visiteurs à la ville, avide de son offre large et variée.

Malgré tous les énoncés précédemment, certains chercheurs insistent sur l'existence de la ville comme noyau de population avant l'invasion arabe. De la fin du XVe siècle jusqu'au début du XXe siècle, la théorie selon laquelle l'origine de la ville était une population romaine, connue sous le nom de Pax Augusta, a été retenue. Selon les historiens et la documentation existante, d'un fait noté, même si la gentillesse de Badajoz a toujours été celle de «pacenses» une telle ville romaine n'a jamais existé. Après la conquête de Badajoz pour le royaume de Leon, l'évêché de la ville a été établi que les clercs de l'époque ont appelé "diocèse pacensis", bien que l'existence de celui-ci n'est pas prouvé avant l'invasion après la défaite wisigothique de Guadalete. Alors que la ville était une taxe du royaume lion, il est possible qu'il existait en soi un noyau chrétien, mais jamais avec une entité de l'évêché. Les villes voisines d'Emérita Augusta, Pax Julia et Evora étaient peut-être (tant que d'autres preuves ne le prouvent pas) la cause de cette controverse.

Malgré l'abondance de vestiges de villas romaines et de sépultures à Badajoz et son terme (La Cocosa, Cespedes, Montesinos, La Picuria, villa et barrage de La Crispita, etc.) font certains doutes sur une présence romaine importante à Badajoz. Et après les Romains... Wisigoths. Les vestiges abondants de cette période historique attaché à la fortification arabe et ailleurs dans la ville, n'ont jamais été suffisamment justifiés.

La colline de La Muela, dont le niveau actuel a été le résultat de la repousse de la ville antique, sur les ruines et les constructions précédentes, détient sans aucun doute des secrets incalculables et une mémoire historique embarrassante enterrée et oubliée, en attente de l'avenir des fouilles qui peuvent donner un peu de lumière à ces théories qui n'ont pas encore été démontrées.