Fue tras la conquista de Badajoz por Alfonso IX de León, la primera Catedral de la ciudad. Según era costumbre de la época, ésta se levantó sobre la antigua mezquita que para su uso privado tenía el emir de la ciudad. El templo cristiano pronto quedó pequeño y se decidió construir uno nuevo, en el Campo de San Juan, más acorde con la categoría de la ciudad.

Poco queda de la primitiva construcción que levantaron los Marwan. De su alminar quedan escasos restos, embutidos en dos torres superpuestas de época cristiana. Las excavaciones realizadas hace unos años, demostraron que era el templo islámico de datación más antigua en occidente. Poco después, en el subsuelo de la mezquita de Córdoba, se descubrieron los restos de otra edificación un año más antigua. Apenas unos restos del mihrab avalan esta teoría. Así mismo cerca de estos vestigios, se han encontrado indicios de la que pudo ser la Sala del trono de los Reyes Aftásidas.

Tras la conquista de Badajoz se cristianizó el edificio, reaprovechándose la gran amyoria de sus elemento y su estructura original. La catedral de Santa María del Castillo, como se denominó también, se mantuvo en servicio hasta la consagración de la nueva catedral bajo la advocación de San Juan Bautista en el año 1276. En esa fecha la nueva See aún no estaba concluida, y las obras continuron hasta el siglo XVI, aunque su actual aspecto se xonsiguió en el XVIII.

La construcción del Hospital Militar destruyó una de sus naves laterales y terminó de arruinar el edificio en general, perdiendo este sus funciones, características y sus elementos estructurales y decorativos. Recientemente se han recuperadp pinturas murales de temática religiosa en la capilla del evangelio y decoraciones mudéjares en lo que fue du capilla mayor.

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